Sekolah Menengah Pertama Islam Terpadu Fatahillah merupakan sekolah yang memadukan antara kurikulum Pendidikan Nasional (KTSP) dengan Pendidikan Agama Islam. Penambahan Pendidikan Agama Islam merupakan ciri khas yang ingin diunggulkan berkaitan status sekolah sebagai sekolah menengah pertama islam terpadu. Kurikulum Pendidikan Agama Islam meliputi mata pelajaran Akidah Akhlak, Fiqih Ibadah, Al Qur’an Hadits dan Bahasa Arab.